Tidak ada yang berbeda dengan sistem pendidikan di SMK Al-Khozini dibandingkan dengan SMK lain. Hanya saja, ada perubahan durasi pelajaran. Pelajaran-pelajaran selain materi Ujian Nasional (UN) dan produktif, mendapatkan porsi yang diperkecil. Sehingga para siswa bisa benar-benar mengembangkan skill kompetensi masing-masing.
Muatan lokal di sini adalah pelajaran-pelajaran kitab salaf. Yang masih mempertahankan metode klasik, bandongan dan sorogan. Dengan begitu, para siswa masih memiliki pengalaman belajar secara konvensional yang kental dengan ajaran memuliakan ilmu, mu’allim (guru), dan kitab.